La primera referència històrica que trobem de l’església de Sant Pere de Pals és de l’any 994 quan Ramon Borrell i Ermessenda de Carcassona, comtes de Barcelona, Girona i Osona, cedeixen la torre de Pals i l’església al bisbe de Girona. Al segle XII, aquesta va ser substituïda per un nou temple romànic, del qual podem apreciar la finestra atrompetada de la façana de ponent i la mènsula tallada amb figura femenina que es troba sota el cor.
L’actual temple gòtic (segle XV) presenta una nau de capçalera poligonal, coberta amb volta de creueria i dividida en tres crugies per arcs torals apuntats. Hi destaquen la clau de volta, sobre el presbiteri, on trobem esculpida una creu florençada i dos rostres masculins, que representen Jesús i Sant Pere, i la segona clau on trobem un medalló amb un Pantocràtor. A la façana de migdia destaca l’ull de bou amb decoració calada formant un trèvol de quatre fulles i en la de ponent, la rosassa també amb decoració calada.
La portalada, d’estil barroc (datada el 1773) és de frontó corbat i tallat i està coronada per tres pinacles amb boles ornamentals que esbossen un triangle. Presideix la portalada, entre dues volutes i dues columnes, una imatge de Sant Pere, amb vestidura papal, assegut a la càtedra de bisbe de Roma.
El campanar i el terrabastall que sobrealcen l’edifici són tardans, del segle XVIII. El retaule barroc, els vitralls i, pràcticament tot l’imaginari, van desaparèixer sota les flames el 23 de juliol de 1936 i totes les imatges i vitralls són posteriors als anys 40 del segle XX. L’orgue fou construït el 1983 pel prestigiós orguener alemany, establert a El Papiol, Gerhard Grenzing.