La canònica de Santa Maria de Vilabertran, la més ben conservada d’origen medieval a Catalunya, va ser construïda al voltant d’un claustre central durant els segles XII i XIII. El seu origen el trobem en una comunitat de dotze clergues de clausura de l’orde de sant Agustí formada l’any 1069.
L'església de Santa Maria, documentada per primer cop l’any 975 i consagrada l’any 1100, mostra la transició dels models constructius dels segles XI i XII. L’any 1295 s’hi va casar el rei Jaume II amb Blanca d’Anjou, unió que va tenir una important repercussió a Europa en posar fi a la guerra entre França, el papat i la corona catalanoaragonesa.
A més, el temple conserva, al lateral esquerre del creuer, el principal tresor de l’orfebreria medieval catalana: la Creu de Vilabertran, datada al segle XIV. L’ànima de fusta de roure fou recoberta de plata amb incrustacions d’esmalts i pedres precioses, camafeus romans, reliquiaris i una rica iconografia sacra d’estil gòtic.
Entre els segles XV i XVIII la canònica patí importants períodes de decadència i els saquejos i espolis provocaren la pèrdua d’importants obres de la biblioteca i l’escriptori. Actualment, té cura del conjunt el Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya i des de l’any 1993 és seu de la Schubertíada a Vilabertran.